Байерн Мюнхен е основан на 27 февруари 1900 г. от членове на Гимнастически Клуб Мюнхен. Клубът играе първите си игри в местната Баварска Лига. Първият по-голям успех на Байерн идва през 1926 г. - шампион на Южна Германия, успехът е повтоторен отново две години по-късно. Първата им титла е спечелена през 1932 г. след победа над Айнтрахт Франкфурт с 2:0 на финала. С идването на Хитлер се слага край на развитието на клуба, защото президента и старши треньора на Баварците са евреи и трябва да напуснат страната, както и много от играчите. Клубът е заклеймен за еврейски, което било неуместно.
След войната Байерн става член на Южната Дивизия на немската Първа Дивзия, която е била разделена на пет части по това време, наричана още Оберлига. Баварците мизерствали и през 1955 изпитали унижението на отпадането в по-долна дивизия. Следващата година, обаче, клубът се завръща в Оберлига и дори печели първата си купа на Германия, биейки на финала Фортуна Дюселдорф с 1:0. Клубът се превърнал в един от водещите, но изпитал финансови трудности и банкрутирал в края на 50-те. Фабрикантът Роланд Едлер дал на клуба нужните пари и си спечелил президентството на клуба за четири години. През 1963 г. Оберлигите били разформировани и се сформирала Първа Бундеслига. Баварците били пренебрагнати от първоначалния състав, но си спечелили промоция в нея две години по-късно с тим, пълен с млади таланти като Франц Бекенбауер, Герд Мюлер и Сеп Майер - бъдещите звезди на Байерн и Германия.
През първият си сезон в Бундеслигата отборът завършва трети и печели втората си купа на страната. На следващата година правят първото си европейско участие в Купата на носителите на купи. Те печелят първият си Европейски трофей след победа в драматичен финал над шотландския Рейнджърс, на който Франц Рот отбелязва решителния гол в продълженията. Същият сезон отборът от Мюнхен печели трета купа на Германия, но малкият прогрес сменя треньора като на поста идва Бранко Зебек. Той превръща отбора в дисциплинирана машина и става първия треньор направил дубъл - титла и купа на Германия през 1969 г.
През 1970 идва друг треньор на мястото на Зебек - Удо Латек. След като печели Купата на Германия през първият си сезон през втората си година начело печели трета титла след драматичен мач срещу Шалке 04, който е първият мач на новият Олимпийски стадион, а също и първият от Бундеслигата предаван по телевизията. Баварците печелят този мач с 5:1 и така затвърждават титлата и няколко рекорда като този за най-много голове в един сезон. Байерн печели и следващите две титли, но зенитът на отбора е през 1974, когато на финала на Купата на европейските шампиони побеждават испанският шампион Атлетико Мадрид с 4:0 в преиграването. На следващата година Баварците не се представят убедително на местно ниво, но защитават Европейската си титла след финал срещу английския Лийдс Юнайтед след голове на Мюлер и Рот. На следващата година отборът побеждава френския шампион Сент Етиен на финала в Глазгоу, отново след гол на Франц Рот. Най-големият успех на това поколение идва същата година с финала за Междуконтиненталната Купа, спечелен срешу бразилския Крузейро.
80-те са период на неуспехи и провали за Байерн с много промени в организацията и финансови проблеми. Две титли били спечелени през 1980 и 1981, но следващите две години отборът не успява да спечели абсолютно нищо. След този период бившият треньор Удо Латек. През първият си сезон отборът печели купата на Германия през 1984, а в следващите години печелят 5 от 6 възможни титли на Германия. Големи международни трофей, обаче обягват на немците след като те стигат до два загубени финала за КЕШ през 1982 срещу Астън Вила и през 1987 срещу ФК Порто. След титлата си през 1990 отборът попада в дупка. През сезон 1991/1992 Баварците завършват на 5 точки от линията на изпадане. През сезон 1993-1994 на треньорския пост идва Франц Бекенбауер, който печели титлата на Германия след 4 години. Тогава Кайзера е избран за президент на Мюнхенци, но клубът не прави олеми успехи. По това време играчите му се появяват по-често по жълтите вестници отколкото в спортните, което спечелва прякора ФК Холивуд. През 1996 Бекенбауер се връща на треньорския пост. Това повлиява моментално като клубът печели Купата на УЕФА същия сезон, побеждавайки на финала Бордо на Зидан.
В периода 1998-2004 треньор на клубът е Отмар Хитцфелд, който се оказва най-успешния в историята на Байерн. През първият си сезон Хитцфелд печели титлата на страната и достига финал на Шампионската лига, изгубен в продълженията от Манчестър Юнайтед. През следващия сезон клубът печели трети дубъл, а през 2001 г. Баварците печелят нова титла. На европейско ниво тимът спечлва нова титла в Шампионската Лига след дузпи на финала срещу испанския ФК Валенсия, а по-късно и Междуконтинентална Купа. През 2002 Баварците не печелят нищо, но на следващата година правят пореден дубъл. През 2004 клубът се проваля в трите турнира, в които участва - Шампионската Лига, Бундеслигата и Купата на Германия. Това довежда до до края на една ера след уволнението на Хитцфелд.
Тимът е абсолютен рекордьор по отличия в Германия и един от най-успелите в Европа като цяло, където успехите му са съпоставими с тези на Ливърпул, Аякс, Милан и Реал М
* Шампион на Германия - 21 пъти: 1932, 1969, 1972, 1973, 1974, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1989, 1990, 1994, 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2005, 2006, 2008
* Носител на Купата на Германия - 14 пъти: 1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005, 2006, 2008
* Носител на Купата на Лигата на Германия - 6 пъти: 1997, 1998, 1999, 2000, 2004, 2007
* Носител на Суперкупата на Германия - 3 пъти: 1983, 1987, 1990
* Носител на КЕШ - 4 пъти: 1974, 1975, 1976, 2001
* Носител на КНК: 1967
* Носител на Купата на УЕФА: 1996
* Носител на Междуконтиненталната купа: 1976, 2001
* 1 Германия Михаел Ренсинг
* 2 Франция Вили Саньол (втори капитан)
* 3 Бразилия Лусио
* 5 Белгия Даниел ван Буйтен
* 6 Аржентина Мартин Демикелис
* 7 Франция Франк Рибери
* 8 Турция Хамит Алтинтоп
* 9 Италия Лука Тони
* 11 Германия Лукас Подолски
* 15 Бразилия Зе Роберто
* 16 Германия Андреас Отъл
* 17 Холандия Марк Ван Бомел (капитан)
* 18 Германия Мирослав Клозе
* 20 Аржентина Хосе Ернесто Соса
* 21 Германия Филип Лам
* 22 Германия Ханс-Йорг Бут
* 23 Германия Марсел Янсен
* 30 Германия Кристиан Лел
* 31 Германия Бастиан Швайнщайгер
* 32 Германия Матс Хумелс (Под наем в Борусия Д)
* 33 Германия Томас Крафт
* 34 Германия Сандро Вагнер
* 35 Бразилия Брено
* 36 Германия Щефан Фюрстнер
* 39 Германия Тони Кроос